از دست دادن تنوع زیستی یک موضوع مهم زیست محیطی است که کشورهای سراسر جهان از جمله ایران را تحت تاثیر قرار داده است. ایران یکی از نقاط داغ تنوع زیستی در جهان است که دارای مجموعه ای منحصر به فرد از گیاهان و جانوران می باشد که طی هزاران سال تکامل یافته است. این تنوع به دلیل طیف وسیعی از فعالیت های انسانی، از جمله تخریب زیستگاه، آلودگی، چرای بی رویه و تغییرات آب و هوایی در معرض تهدید است.

یکی از مهمترین عوامل کاهش تنوع زیستی در ایران، تخریب زیستگاه است. ایران دارای طیف متنوعی از اکوسیستم‌ها از جمله جنگل‌ها، تالاب‌ها و بیابان‌ها است که هر کدام مجموعه‌ای از گونه‌های منحصر به فرد خود را دارند. این اکوسیستم ها به دلیل جنگل زدایی، شهرنشینی و گسترش کشاورزی در معرض تهدید هستند. به عنوان مثال، جنگل های هیرکانی در شمال کشور، یکی از مهمترین جنگل های جهان است که قطع غیرقانونی درختان و تغییر کاربری اراضی، بقای بسیاری از گونه های مهم این منطقه را تهدید می کند.

آلودگی همچنین تهدیدی مهم برای تنوع زیستی ایران است. فعالیت های صنعتی، شیوه های کشاورزی و شهرنشینی منجر به انتشار آلاینده ها در هوا، آب و خاک شده است. این آلودگی طیفی از اثرات منفی بر تنوع زیستی از جمله کاهش کیفیت زیستگاه ها، مسمومیت حیوانات و گیاهان و کاهش دسترسی به منابع غذایی و آب دارد. به عنوان مثال، دریاچه ارومیه که یکی از بزرگترین دریاچه های آب شور جهان است و زیستگاه گونه های بومی بسیاری است، در معرض آلودگی ناشی از رواناب های کشاورزی و تخلیه فاضلاب قرار دارد.
چرای بی رویه یکی دیگر از عوامل مهم کاهش تنوع زیستی در ایران است. چرای دام منبع حیاتی برای بسیاری از جوامع روستایی ایران است. با این حال، چرای بیش از حد می تواند منجر به تخریب مراتع و دیگر زیستگاه ها شود و دسترسی به غذا و سرپناه را برای بسیاری از گونه ها کاهش دهد. چرای بیش از حد می تواند منجر به فرسایش خاک شود که می تواند باعث تخریب بیشتر زیستگاه ها و کاهش دسترسی به مواد مغذی گردد.